A separação dos compartimentos celulares é um passo crítico para o estudo das diferentes estruturas intracelulares, organelos específicos ou para possíveis associações entre estas estruturas com ácidos nucleicos ou proteínas. O fracionamento subcelular é um conjunto de métodos e técnicas básicas de laboratório, onde após a homogeneização, separam-se as partículas, geralmente céluls ou organelos celulares, em função das suas propriedades biofísicas, tais como a densidade de flutuação, densidade de carga superficial, forma e tamanho.

O fracionamento subcelular tem como objetivo obter frações puras ou enriquecidas num determinado compartimento celular. Esta separação realiza-se usando diversos protocolos de centrifugação, onde variáveis como força centrífuga e tempo determinarão a obtenção ótima de diferentes frações de interesse.