Genómica


Extracción, purificación, secuenciación y selección de tamaño de ácidos nucleicos, análisis genético con nuevas y exclusivas tecnologías detección y recuento de moléculas tanto de ácidos nucleicos como proteínas mediante el uso de sondas marcadas con un código de barras de colores.

Izasa Scientific le ofrece soluciones integrales en el campo de las Ciencias de la Vida.
Genómica | Izasa Scientific
Nanostring_ImmuneAssays_IzasaScientific

nCounter® Vantage 3D™ Immune Assays

La tecnología de Nanostring se ha extendido también a la detección de proteínas a través del marcaje de anticuerpos específicos con el barcode de colores.

Estos anticuerpos serían los que reconocerían específicamente la proteína, de tal manera que al final, para su cuantificación, la sonda reporter con el barcode de colores se escindiría del anticuerpo quedando libre para proceder a su unión al cartucho y posterior lectura.

La detección de proteínas con esta metodología correlaciona fuertemente con ensayos de citometría de flujo (R2>0.75)

El concepto de 3DTM Biology que ha patentado NanoString ha hecho que esta tecnología se convierta en uno de los clasificados por la revista The Scientist al Top 10 de las innovaciones del 2016.

We are thrilled to announce that we are a winner for The Scientist Top 10 Innovations 2016 Award

Nanostring permite la cuantificación simultánea y en la misma muestra de proteínas y genes de expresión haciendo uso de la misma tecnología con los nCounter® Vantage 3D™ Immune Assays. Estos ensayos están diseñados para mezclar los paneles PanCancer con los paneles de detección de proteínas a elección del investigador.

  • A partir de 20.000 células (50.000 células para PBMCs y células primarias).
  • No requiere de asistencia de personal bioinformático, gracias al software gratuito de análisis avanzados del nSolver.
  • Diseño flexible: permite personalizar el panel mediante la adición de hasta 3 proteínas a la elección del investigador a través del servicio que ofrece NanoString Vantage 3D™ Protein Barcoding Service.

 

RNA:Protein Immune Cell Profiling

Para analizar el mRNA y las proteínas de superficie celular como receptores, marcadores de linaje celular, moléculas reguladoras para monitorizar cambios en la abundancia de un determinado tipo celular y su status de activación.

 

RNA:Protein Immune Cell Signaling

Mide el mRNA y los niveles de determinadas proteínas intracelulares como las citoquinas, quimoquinas y factores de transcripción  implicados en estadios iniciales de comunicación celular y diferenciación inmune.

 

Immune Cell Profiling Protein

Stage of Cancer Immunity Cycle

Associated Proteins

(2) Antigen presentation CD4, CD40, CD40L
(3) Priming and activation PD-1, PD-L1, PD-L2, IL2R, NCAM, GITR, OX40, CD27, CD28, CD127, CD137
(4-5) Trafficking and infiltration CD9
(6-7) Recognition of and killing cancer cells PD-1, PD-L1, PD-L2, BTLA, HLA-DRA
Immune modulation PD1, ICOS, KIR3DL1, NKp46, CTLA-4, DE3E, CD8A, CD14, CD19, CD33, CD68, CD163, CD45RO, NT5E

 

Immune Cell Signaling Protein

Immunologic Role

Associated Proteins

Chemokines CCL5, CXCL5, CXCL8
Cytokines IL-1B, IL-10, IL-12p40, IL-2, IL-6, TFGB
Transcription Factors Aiolos, BaF, FoxP3, GATA3, Helios, Ikaros, STAT1, STAT3, T-bet, Th-Pok, IRF4, Bcl-6
Additional Immune Functions IDO, GM-CSF, IFNy, Perforin, IL-15RA

 

 

nCounter® Vantage 3D™ Solid Tumor Assays

Nanostring permite también la detección de SNVs (Single Nucleotide Variations) a nivel de DNA mediante la tecnología del barcode de colores..

Se consigue mediante la detección de presencia/ausencia de un determinado SNP en una región ya conocida a través de la unión o no unión de una sonda específica diseñada para su hibridación.

 

DNA SNV Solid Tumor Panel 

Permite monitorizar 104 SNVs e INDELS (inserciones y delecciones) presentes frecuentemente en determinados tumores.

A partir de 5 ng de DNA, 25 ng de RNA y 250 ng proteínas ó 2 portas de 2 muestras parafinadas FFPE. La detección de SNVs requiere de pre-amplificación previa a la hibridación.

 

Con la tecnología patentada de 3DTM Biology, y en combinación con los nCounter Vantage 3D RNA:Protein Assays, se puede analizar y validar mutaciones de DNA junto con la expresión génica y de proteínas en la misma muestra y a la vez.

NanoString ofrece diferentes protocolos según el tipo de muestra de partida

  • RNA:Protein Solid Tumor Assay for Lysate 
  • RNA:Protein Solid Tumor Assay for FFPE
  • DNA:Fusion Lung Assay . Combina el panel de SNVs con el de los genes de Fusión para pulmón.

 

nCounter Vantage 3D Workflow, NanoString Technologies, Inc.
 

 

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